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通過生物信息學方法篩選新的非酒精性脂肪性肝炎關鍵基因

作者:馮鞏; 賀娜; 彌曼; 李雪萍; 劉曼玲; 范立萍; 劉艷; 李麗莉; 牛春燕 西安醫(yī)學院全科醫(yī)學研究所; 西安710021; 西安醫(yī)學院第一附屬醫(yī)院消化內科; 寶石花長慶職工醫(yī)院興隆園醫(yī)院影像科; 寶石花長慶職工醫(yī)院興隆園醫(yī)院醫(yī)務科; 廈門大學附屬翔安醫(yī)院消化內科

摘要:目的通過生物信息學方法篩選新的非酒精性脂肪性肝炎(non-alcoholic steatohepatitis,NASH)關鍵基因,從而為NASH的診斷和治療以及科研提供新的思路與方法。方法通過GEO(Gene Expression Omnibus,GEO)數據庫獲取關于NASH的基因表達芯片數據,進一步通過GEO2R在線分析工具分析手段獲得NASH和正常組織的差異化表達基因(differentially expressed genes,DEGs)。隨后,對這些DEGs進行功能富集分析,同時借助于蛋白-蛋白相互作用網絡圖分析(protein-protein interaction,PPI)去尋找NASH發(fā)生和發(fā)展的潛在分子作用機制。結果獲得GSE17470芯片,514個DEGs以及11個關鍵基因(VEGFA、FOS、CAT、ALDH7A1、ALDH1B1、ALDH1A1、ALDH2、ERBB2、ALDH1L1、TF、ALDH8A1),功能富集分析提示DEGs多參與代謝過程,包括三大營養(yǎng)物質(糖類、脂肪、蛋白質)代謝,尤其是脂質代謝,同時與氧化還原生理過程密切相關,其中3個關鍵基因(CAT、ALDH2、ALDH8A1)與肝癌的生存分析具有緊密聯(lián)系,可能與NASH發(fā)展到HCC密切相關。結論這些篩選出來的NASH關鍵基因在未來可能會成為NASH新的診斷生物學標志物或靶向性治療的目標,為未來本領域的科學探索奠定新的方向。

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山西醫(yī)科大學學報

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