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基于Nextflow構(gòu)建的宏條形碼自動化分析流程EPPS

作者:李詣遠; David; C.Molik; Michael; E.Pfrender Department; of; Biological; Sciences; University; of; Notre; Dame; Notre; Dame; IN; 46554; USA

摘要:基于宏條形碼技術(shù)的物種快速檢測有助于生物多樣性的評估、預測和保護。本文介紹了常用宏條形碼分析的步驟和參數(shù)設定方法。我們利用Nextflow搭建了一款宏條形碼分析流程EPPS,可以自動化地運行從原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制到環(huán)境多樣性的比較。Nextflow軟件還擁有流程監(jiān)控的功能,可視化輸出每個進程所消耗的時間與內(nèi)存。本文還使用測試數(shù)據(jù)和已發(fā)表數(shù)據(jù)證明該平臺能夠有效地分析宏條形碼數(shù)據(jù)并可靠地分析環(huán)境生物多樣性的相似性。

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生物多樣性

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